伏在清华园周围，拂晓5时跳墙而入，分别包围各学生宿舍，禁止学生行动，按特务学生提供的“黑名单”进行搜捕。愤怒的学生与军警展开搏斗，拆毁了警车，使军警只好徒步悻悻而归，而学生没有一个人被捕。宋哲元接到逃回去的军警的报告后，火冒三丈，当天下午派出5000多军警，其中包括二十九军大刀队、机枪连，由北平公安局长陈继安亲自指挥，到清华抓人。军警们从晚上9点一直搜到天亮，才在清华后体育馆中发现集中隐蔽的学生，胡乱抓了20多人，却没有抓到一个中共地下党员和主要学生干部。

    大规模的逮捕镇压，使学生们决意反击。1936年3月31日，爆发了“三三一”游行示威。这天，学生们在北平大学三院礼堂举行悼念大会，悼念因酷刑折磨而死于监狱中的北平高中学生郭清。宋哲元派出大批军警和特务打手将北大三院包围，在门口架上机枪，禁止学生出入。追悼会后，学生们从邻校孔德中学冲出，举行抬棺游行。愤怒的学生高呼“打倒汉奸卖国贼宋哲元”等口号，走上街头。在北池子南口附近，遭到大队军警的突然袭击，100多名学生被打伤，53名学生被逮捕。被捕学生在监狱中遭到残酷虐待。

    “三三一”事件使学生和宋哲元的第二十九军完全处于尖锐的敌对状态，形同水火。这时，刘少奇和他主持下的中共北方局改变策略，不再把锋芒指向有着抗日历史的部队，而是决定要和宋哲元及第二十九军建立统一战线，并及时提出了“拥护宋委员长抗日”、“拥护二十九军抗日”等口号。学生们的头脑也冷静下来，开始谋求缓和与宋哲元二十九军的紧张关系。4月6日，北平学联发表致宋哲元的公开信，信中称赞了第二十九军长城抗战的光荣历史，希望宋哲元能“负起抗日领袖的责任”。同时，学联还组织学生通过多种形式深入到第二十九军驻地，沟通与官兵的感情，教士兵打篮球、踢足球、练习田径等。在接触中，学生和第二十九军的官兵之间逐渐消除隔阂，建立了友谊。

    宋哲元见学生不再反对他，也就不为己甚。他的转变首先表现在对1936年2月大逮捕和“三三一”游行中被捕人员的处理上。5月，被捕人员全部获释。6月13日，学生为反对日寇武装走私和增兵华北以及要求彻底清查海河浮尸事件而举行示威游行。在这次游行中，学生喊出了“拥护二十九军抗日”和“拥护宋哲元将军抗日”的口号，奉命沿途拦截的军警也只是跟着队伍两旁走，维持秩序，没有再发生殴打和逮捕学生的事件。

    “六一三”示威游行后，日本人向北平当局提出强烈抗议，宋哲元在日本人的压力下，下令取缔北平学联及一切学生团体。但北平学联并没有销声匿迹，也没有与宋哲元正面对抗，而是继续派代表积极参加劳军、追悼阵亡将士等活动。1936年农历7月15日，宋哲元为给在喜峰口抗击日军壮烈牺牲的官兵超度亡魂，在北海举行盂兰盆会。学联派代表参加，献了花圈和挽联，还上台念了祭文，令到会官兵深受感动。第二十九军接受学联的花圈、挽联，等于是承认学联的合法存在。

    1936年9月18日，北平各学校都顺利召开“九一八”五周年纪念会，第二十九军没有干预。当天，第二十九军驻丰台部队与日军发生冲突，宋哲元被迫屈辱地接受日方关于撤退丰台中国驻军的无理要求。北平学联得知消息后，立即派代表前往丰台进行慰问，在代表返回北平后，学联又召开各界谈话会，谴责日军暴行，同时发动各校学生到西苑第二十九军驻地去慰问，使广大官兵非常感动。

    日本为了保持对第二十九军的军事压力，从1936年起频频增兵，华北局势愈加急迫。10月下旬起，驻平津日军进行军事大演习。宋哲元和第二十九军也不甘示弱，决定在红山口和固安进行军事演习。11月7日，驻西苑的第二十九军